44 artigos, preprints e outros trabalhos, cada um com um parágrafo que resume o resultado principal.
Citados 2928 vezes no total, segundo o OpenAlex (outubro de 2026). Os números no Google Scholar costumam ser um pouco mais altos.
2025
Aragão D, Savko M, Oram D, Smith K, Shepard W, Flaig R
Struct Dyn (ACA 2025 meeting abstract) (2025) · Outro
Resumo de uma reunião sobre o sistema automático de centragem de amostras desenvolvido como protótipo na I04: o modelo de aprendizagem automática murko, do SOLEIL, para encontrar o loop e o cristal, Ophyd e Bluesky para controlar a linha de luz, e Kubernetes e Docker para poder ser instalado noutras instalações.
A minha parte: liderei o projecto e o seu financiamento UKRI/BBSRC, e apresentei-o na reunião da ACA em Chicago.
Flaig R, Romano P, Aragão D
J Phys Conf Ser (2025) · Métodos / instrumentação · citado uma vez
Como a recolha de dados atenta à dose na I04 ajuda os utilizadores a escolher as condições de exposição que equilibram o sinal e os danos da radiação, o que importa especialmente numa linha de luz onde o tamanho do feixe muda com frequência, até ao microfoco.
Flaig R, Romano P, Aragão D
Struct Dyn (2025) · Outro
Resumo de uma reunião que descreve a óptica de focagem variável da I04 (de um microfoco de 8 × 5 μm até 110 × 100 μm), a melhoria da fonte em 2022, que aumentou o fluxo entre 6 e 18 keV, e os modos de recolha de dados atenta à dose e sem supervisão agora oferecidos aos utilizadores.
2022
Munasinghe TS, Edwards MR, Tsimbalyuk S, Vogel OA, Smith KM, …, Aragão D, …, Forwood JK
Nat Commun (2022) · PubMed · citado 29 vezes
A ORF4b do MERS-CoV liga-se à importina α por um mecanismo invulgar, sem a habitual lisina no local P2, e sobrepõe-se ao local de ligação do p50 do NF-κB, uma explicação estrutural para a forma como o vírus bloqueia a imunidade inata.
7RFX7RFY7RFZ7RG07RG17RG27RG37RG47RG57RG6
Teakel S, Marama M, Aragão D, Tsimbalyuk S, Mackie ERR, Soares da Costa TP, Forwood JK, Cahill MA
FEBS Lett (2022) · PubMed · citado 2 vezes
Um domínio de citocromo b5M de uma arqueia mostra a mesma orientação invulgar do hemo de uma estrutura anterior de cytb5M, o que apoia a ideia de que a família de proteínas MAPR dos mamíferos a herdou de um antepassado procariota.
6NZX6VZ6
2021
Cross EM, Adams FG, Waters JK, Aragão D, Eijkelkamp BA, Forwood JK
Sci Rep (2021) · PubMed · citado 25 vezes
A comparação dos homólogos anotados de FabG em Acinetobacter baumannii identificou uma 3-oxoacil-ACP redutase de baixo peso molecular como a FabG verdadeira mais provável da sua via de síntese de ácidos gordos, um possível alvo para antibióticos.
6NRP
Tamarit D, Teakel S, Marama M, Aragão D, Gerdes SY, Forwood JK, Ettema TJG, Cahill MA
bioRxiv (preprint) (2021) · Outro · citado 7 vezes
A família de proteínas MAPR, que inclui a proteína humana associada ao receptor da progesterona PGRMC1, revela-se aparentada com uma classe recém-reconhecida de citocromos b5 bacterianos. A primeira estrutura desta classe (6NZX) partilha o enrolamento do tipo MAPR e a orientação do hemo, o que apoia uma origem bacteriana para a família.
6NZX
Jagga B, Edwards M, Pagin M, Wagstaff KM, Aragão D, …, Forwood JK
Nat Commun (2021) · PubMed · citado 40 vezes
Os dois sinais de localização nuclear distantes da SOX2 formam uma única interface contínua, que se estende por nove das dez repetições ARM da importina α3. Isto explica a preferência da SOX2 pela importina α3 e a sua importância para as células estaminais neurais e para o desenvolvimento da mosca.
6WX76WX86WX9
2019
Maghool S, Cooray NDG, Stroud DA, Aragão D, Ryan MT, Maher MJ
Life Sci Alliance (2019) · PubMed · citado 25 vezes
Estruturas do factor de montagem do complexo IV humano Coa6 e do seu mutante W59C, causador de doença, mostram um feixe de hélices preso por pontes dissulfureto, com um provável local de ligação de cobre, e explicam a perda de função do mutante pela oligomerização através de pontes dissulfureto.
Cross EM, Aragão D, Smith KM, Shaw KI, Nanson JD, Raidal SR, Forwood JK
Biochem Biophys Res Commun (2019) · PubMed · citado 8 vezes
Uma suposta enzima FabG de Acinetobacter baumannii multirresistente tem um enrolamento do tipo FabG (2,0 Å), mas é inactiva com o substrato da FabG, pelo que não é a enzima de síntese de ácidos gordos que a anotação dizia.
6PZM6PZN
Petri J, Nakatani Y, Montgomery MG, Ferguson SA, Aragão D, …, Cook GM
Open Biol (2019) · PubMed · citado 6 vezes
A F1-ATPase do patogénico anaeróbio Fusobacterium nucleatum está parcialmente inibida na hidrólise de ATP, e a sua estrutura sugere que, tal como nas mitocôndrias, a actividade é regulada pela concentração de ADP.
6Q45
Sikanyika M, Aragão D, McDevitt CA, Maher MJ
Acta Crystallogr F Struct Biol Commun (2019) · PubMed · citado 14 vezes
Estrutura e cinética da glutationa redutase de Streptococcus pneumoniae (2,56 Å). A interface do dímero permitiu agrupar estas enzimas em três classes, e ela tem um Km invulgarmente alto para a glutationa oxidada.
2018
Aragão D, Aishima J, Cherukuvada H, Clarken R, Clift M, …, Caradoc-Davies TT
J Synchrotron Radiat (2018) · Métodos / instrumentação · PubMed · citado 554 vezes
A MX2, a linha de luz de microfoco com ondulador e alto fluxo do Australian Synchrotron: o seu desenho, o manuseamento robotizado de amostras, o estado actual, os planos para o futuro e ciência recente.
A minha parte: escrevi o artigo e participei na maior parte das melhorias que descreve.
Smith KM, Tsimbalyuk S, Edwards MR, Cross EM, Batra J, …, Aragão D, …, Forwood JK
Nat Commun (2018) · PubMed · citado 75 vezes
As proteínas W dos vírus Hendra e Nipah ligam-se à importina α3 através de uma interface maior e com uma afinidade mais de 50 vezes superior à da importina α1. Importinas quiméricas mostram que a diferença está no posicionamento das repetições armadillo 7 e 8.
A minha parte: recolha de dados, e co-orientação dos estudantes de doutoramento na recolha de dados, determinação da estrutura, refinamento e análise.
Nas notícias: Charles Sturt University.
6BVT6BVV6BVZ6BW06BW16BW96BWA6BWB
Petri J, Shimaki Y, Jiao W, Bridges HR, Russell ER, …, Aragão D, …, Nakatani Y
Biochim Biophys Acta Bioenerg (2018) · PubMed · citado 48 vezes
A NDH-2 ligada ao inibidor quinolona HQNO mostra como os inibidores se encaixam no túnel de ligação da quinona, uma base para desenhar fármacos contra agentes patogénicos como o Mycobacterium tuberculosis e o Plasmodium falciparum.
6BDO
2017
Nakatani Y, Jiao W, Aragão D, Shimaki Y, Petri J, Parker EJ, Cook GM
Acta Crystallogr F Struct Biol Commun (2017) · PubMed · citado 15 vezes
Uma nova plataforma de cristalização deu uma estrutura a 2,15 Å da NADH:quinona oxidorredutase bacteriana do tipo II (NDH-2), um alvo para fármacos, que foi depois usada para modelar a ligação dos substratos quinona.
A minha parte: ajuda a ultrapassar os problemas de cristalização, e depois recolha e processamento dos dados, resolução da estrutura, refinamento e análise.
5WED
Swarbrick CM, Bythrow GV, Aragão D, Germain GA, Quadri LE, Forwood JK
Biochemistry (2017) · PubMed · citado 7 vezes
As micobactérias têm uma classe inactiva de tioesterase TesB. A enzima de Mycobacterium avium tem uma alanina onde devia estar o aspartato catalítico, e repor o aspartato repõe a actividade, uma alteração conservada nas micobactérias mas não vista noutros organismos.
A minha parte: recolha e processamento dos dados, resolução da estrutura, refinamento e comparação estrutural das enzimas.
Khandokar YB, Srivastava P, Cowieson N, Sarker S, Aragão D, …, Forwood JK
J Biol Chem (2017) · PubMed · citado 13 vezes
Uma tioesterase TE6 de Neisseria meningitidis forma um hexâmero com seis moléculas de GDP ligadas, revelando uma forma de regulação desta família de enzimas baseada em nucleótidos.
A minha parte: recolha e processamento dos dados, resolução da estrutura, refinamento e análise.
Blaza JN, Bridges HR, Aragão D, Dunn EA, Heikal A, Cook GM, Nakatani Y, Hirst J
Sci Rep (2017) · PubMed · citado 80 vezes
Cinética, mutagénese e estruturas mostram que a NDH-2 trata os seus dois substratos de forma independente, em locais separados, pelo que a reacção pode seguir um mecanismo pingue-pongue ou ternário. Isto concilia dados anteriores contraditórios sobre este alvo antimicrobiano.
A minha parte: recolha de dados em dezenas de cristais com um feixe de microfoco, para escolher as melhores cunhas a juntar, e depois processamento, resolução da estrutura, refinamento e discussão do mecanismo.
5KMP5KMQ5KMR5KMS
2016
Khandokar YB, Srivastava P, Sarker S, Swarbrick CMD, Aragão D, Cowieson N, Forwood JK
J Biol Chem (2016) · PubMed · citado 8 vezes
A tioesterase PaaI de Streptococcus pneumoniae é um tetrâmero de domínios hotdog duplos que consegue hidrolisar tanto o fenilacetil-CoA como acil-CoA de ácidos gordos de cadeia média, e liga o CoA por um mecanismo de ajuste induzido.
A minha parte: recolha e processamento dos dados, resolução da estrutura, refinamento e ajuda a propor o mecanismo.
Chaston JJ, Smits C, Aragão D, Wong AS, Ahsan B, …, Stewart AG
Structure (2016) · PubMed · citado 33 vezes
As arqueias Sulfolobales combinam três subunidades de chaperonina em complexos diferentes para o frio, para condições normais e para o stress térmico. A cristalografia e a microscopia electrónica mostram a sua geometria, incluindo um novo arranjo das subunidades.
A minha parte: contributos para o desenho experimental, recolha e processamento dos dados, resolução da estrutura, refinamento e análise.
Sarker S, Terrón MC, Khandokar Y, Aragão D, Hardy JM, …, Forwood JK
Nat Commun (2016) · PubMed · citado 79 vezes
Estruturas da proteína da cápside do vírus da doença do bico e das penas, um dos vírus animais mais simples, mostram como o ADN de cadeia simples regula a sua montagem e como os conjuntos alternam a exposição do seu braço de ligação ao ADN e de endereçamento nuclear.
A minha parte: recolha de dados com um feixe de microfoco e incrementos de rotação muito finos, para lidar com as células unitárias muito grandes, processamento, resolução da estrutura e refinamento, e ideias para as experiências de carregamento de ADN.
Nas notícias: Cosmos (com a minha imagem da cápside), ANSTO, Charles Sturt University, Australian Geographic e SBS News.
5J095J365J37
2015
Cowieson NP, Aragão D, Clift M, Ericsson DJ, Gee C, …, Caradoc-Davies T
J Synchrotron Radiat (2015) · Métodos / instrumentação · PubMed · citado 469 vezes
O desenho, a estação experimental e os destaques científicos da MX1, a linha de luz de cristalografia de magneto de deflexão do Australian Synchrotron, que serve cristalógrafos químicos e macromoleculares.
A minha parte: escrevi o artigo com o Nathan Cowieson e participei na maior parte das melhorias que descreve.
Li D, Stansfeld PJ, Sansom MSP, Keogh A, Vogeley L, …, Aragão D, …, Caffrey M
Nat Commun (2015) · PubMed · citado 43 vezes
A diacilglicerol cinase apanhada com o seu substrato lipídico e um análogo de ATP, com o fosfato em posição para ser transferido. Isto levou a uma proposta de mecanismo catalítico e a indícios de que o centro activo surgiu por evolução convergente.
A minha parte: sugeri usar um análogo de ATP não hidrolisável para apanhar a enzima a meio da reacção, e metais para ajudar o ligando a ligar-se; trabalhei na análise e no refinamento de várias das estruturas e no manuscrito.
Nas notícias: Phys.org e Trinity College Dublin.
4UXW
2013
Li D, Lyons JA, Pye VE, Vogeley L, Aragão D, …, Caffrey M
Nature (2013) · PubMed · citado 95 vezes
Estruturas cristalográficas de três formas funcionais da diacilglicerol cinase, uma enzima de membrana de 121 resíduos estudada há meio século, mostram um trímero com centros activos partilhados e contradizem a troca de domínios proposta por um modelo anterior de RMN.
A minha parte: cristalógrafo principal, da recolha e processamento dos dados à resolução da estrutura por determinação experimental de fases, ao refinamento e à análise do mecanismo.
Nas notícias: GM/CA no Advanced Photon Source.
3ZE33ZE43ZE5
2012
Li D, Boland C, Aragão D, Walsh K, Caffrey M
J Vis Exp (2012) · Métodos / instrumentação · PubMed · citado 44 vezes
Um protocolo em vídeo para colher e crioarrefecer os cristais pequenos e frágeis que crescem em mesofases lipídicas pegajosas, um dos estrangulamentos práticos do método in meso para proteínas de membrana.
Lyons JA, Aragão D, Slattery O, Pisliakov AV, Soulimane T, Caffrey M
Nature (2012) · PubMed · citado 126 vezes
A estrutura a 2,36 Å da oxidase caa3 de Thermus thermophilus, que tem o seu próprio domínio de citocromo c, mostra como é construído o complexo de transferência de electrões entre o citocromo c e a oxidase, e revelou uma nova subunidade de membrana e um lípido nativo ligado.
Nas notícias: Phys.org e Silicon Republic.
2YEV
2011
Stepanov S, Hilgart M, Yoder DW, Makarov O, Becker M, …, Aragão D, …, Fischetti RF
J Appl Crystallogr (2011) · Métodos / instrumentação · PubMed · citado 17 vezes
Novas ferramentas de fluorescência de raios X nas linhas de luz GM/CA do Advanced Photon Source: varrimentos rápidos de energia em contínuo, varrimento por fluorescência para encontrar cristais pequenos ou invisíveis, e optimização automática do sinal para reduzir os danos da radiação.
Höfer N, Aragão D, Lyons JA, Caffrey M
Cryst Growth Des (2011) · PubMed · citado 33 vezes
Estuda como a escolha do lípido hospedeiro na mesofase lipídica afecta a cristalização e a estrutura do antibiótico formador de poros gramicidina, e se o ambiente da membrana pode favorecer uma das suas conformações.
2Y5M2Y6N
Pye VE, Aragão D, Lyons JA, Caffrey M
Cryst Growth Des (2011) · Outro · citado 3 vezes
Uma visão geral da 13.ª International Conference on the Crystallization of Biological Macromolecules (ICCBM13), que apresenta o número especial que reuniu trabalhos apresentados na reunião.
Rosenbaum DM, Zhang C, Lyons JA, Holl R, Aragão D, …, Kobilka BK
Nature (2011) · PubMed · citado 784 vezes
Um agonista desenhado para se ligar covalentemente ao receptor adrenérgico β2 permitiu cristalizar um receptor com agonista em fase cúbica lipídica, mostrando como os agonistas se ligam e começam a activar este receptor acoplado a proteínas G.
Nas notícias: FCT NOVA e ITQB NOVA (2012). A lição Nobel de Brian Kobilka.
3PDS
Höfer N, Aragão D, Caffrey M
Biophys J (meeting abstract) (2011) · Outro · citado 2 vezes
Resumo de uma reunião sobre o uso da fase cúbica lipídica para imitar a membrana celular, a partir do trabalho de cristalização in meso de péptidos transmembranares.
2008
Frazão C, Aragão D, Coelho R, Leal SS, Gomes CM, Teixeira M, Carrondo MA
FEBS Lett (2008) · PubMed · citado 11 vezes
Uma estrutura a 2,0 Å da ferredoxina nativa da arqueia Acidianus ambivalens, com o local do zinco e os dois clusters de ferro e enxofre ([3Fe-4S] e [4Fe-4S]) intactos, ao contrário da estrutura anterior, convertida artificialmente, de uma espécie aparentada.
A minha parte: cresci os cristais no ITQB por volta de 2000, muito antes do artigo.
2VKR
Aragão D, Mitchell EP, Frazão CF, Carrondo MA, Lindley PF
Acta Crystallogr D Biol Crystallogr (2008) · PubMed · citado 30 vezes
A proteína de cluster híbrido de D. vulgaris, purificada e cristalizada sem oxigénio e resolvida por MAD à volta da energia de ionização do ferro (1,35 Å). A semelhança com as monóxido de carbono desidrogenases ajuda a explicar o cluster híbrido e prevê uma estrutura dimérica para as proteínas da classe 3.
Este artigo foi capa do número de Junho de 2008 da Acta Crystallographica D.
1W9M
2007
Tese de doutoramento
Structure to function studies in hybrid cluster proteins and glucose-1-phosphate uridylyltransferases
PhD thesis in Biochemistry, Instituto de Tecnologia Química e Biológica (ITQB), Universidade Nova de Lisboa, with the ESRF, Grenoble. Supervisors: Carlos Frazão (ITQB) and Edward Mitchell (ESRF). Final exam 9 October 2007. ISBN 978-989-20-0807-3. Funded by FCT scholarship SFRH/BD/6480/2001
Estruturas cristalográficas de duas famílias de proteínas muito diferentes. As proteínas de cluster híbrido de Desulfovibrio têm um cluster invulgar de ferro, enxofre e oxigénio, e as estruturas ajudam a explicar como é construído e o que poderá fazer. A glucose-1-fosfato uridililtransferase (UgpG) de Sphingomonas elodea produz um bloco de construção de açúcar para a goma gelana. O trabalho foi dividido entre o ITQB NOVA, em Oeiras, e o ESRF, em Grenoble. (Lista de teses de doutoramento do ITQB, cópia arquivada)
Tese (PDF, 7 MB)
Aragão D, Fialho AM, Marques AR, Mitchell EP, Sá-Correia I, Frazão C
J Bacteriol (2007) · PubMed · citado 33 vezes
A estrutura da UgpG de S. elodea, uma enzima-chave na produção do espessante alimentar goma gelana, revela uma estrutura quaternária nunca vista na sua família de enzimas, embora cada subunidade seja muito parecida com as timidililtransferases aparentadas.
2UX8
2003
Aragão D, Macedo S, Mitchell EP, Romão CV, Liu MY, …, Lindley P
J Biol Inorg Chem (2003) · PubMed · citado 47 vezes
Estruturas de alta resolução da proteína de cluster híbrido de duas espécies de Desulfovibrio, resolvidas depois da redução (1,25 e 1,55 Å). O enrolamento da proteína não muda, mas os átomos de ferro e enxofre do invulgar cluster híbrido mudam de posição, o que dá pistas sobre o funcionamento destas proteínas.
Uma figura deste artigo foi escolhida para a capa de 2003 do Journal of Biological Inorganic Chemistry.
1OA01OA1
Aragão D, Frazão C, Sieker L, Sheldrick GM, LeGall J, Carrondo MA
Acta Crystallogr D Biol Crystallogr (2003) · PubMed · citado 25 vezes
O citocromo c3 dimérico de Desulfovibrio gigas, refinado a 1,2 Å. A comparação com todos os domínios de citocromo c3 conhecidos revelou regiões conservadas apesar de sequências muito diferentes, e uma molécula de água enterrada que provavelmente transporta electrões entre dois dos hemos.
1GYO
Macedo S, Aragão D, Mitchell EP, Lindley P
Acta Crystallogr D Biol Crystallogr (2003) · PubMed · citado 13 vezes
Conhecer as formas totalmente oxidada e totalmente reduzida permitiu resolver uma estrutura a 1,25 Å da proteína de cluster híbrido com moléculas nos dois estados, esclarecendo como os átomos de ferro e de persulfureto do cluster se deslocam na redução.
1UPX
1999
Fonseca A, Gouveia C, Fernandes JP, Câmara AS, Pinheiro A, Aragão D, Silva JP, Sousa MI
In: Câmara AS, Raper J (eds), Spatial Multimedia and Virtual Reality, pp. 71–88. Taylor & Francis, London (1999; reissued by CRC Press, 2021) (1999) · Outro
Um capítulo de livro sobre o CD-ROM multimédia que o GASA, o grupo de sistemas ambientais da FCT NOVA, fez para a Expo 98, em Lisboa, e que permitia explorar informação ambiental sobre Portugal. A minha parte, ainda estudante de licenciatura, foi introduzir muitos dos dados por trás dele.
