Ferredoxina com zinco de Acidianus ambivalens
Uma pequena proteína de uma arqueia de fontes termais, com sete átomos de ferro em dois clusters, mais um zinco, tudo intacto.
As ferredoxinas são pequenas proteínas que transportam electrões pela célula. Esta vem de Acidianus ambivalens, uma arqueia que vive em fontes vulcânicas quentes e ácidas. Tem sete átomos de ferro em dois clusters de ferro e enxofre, um [3Fe-4S] e um [4Fe-4S], e também liga um zinco. Uma estrutura anterior de uma ferredoxina aparentada tinha os clusters convertidos artificialmente; aqui, os dois clusters e o local do zinco estão intactos, tal como o organismo os produz, a 2,0 Å de resolução (artigo).
É também uma das primeiras proteínas que cristalizei. Cresci os cristais no ITQB por volta de 2000, entre o meu projecto de licenciatura e o doutoramento. Difractavam a 2,0 Å, mas eram maclados, cada um com uma fracção de macla diferente, por isso a estrutura levou muito tempo a resolver e a refinar. No fim, a bioquímica alcançou-nos, era importante publicar a estrutura, e saiu em 2008.
- Entrada no PDB
- 2VKR no PDBe (também no RCSB PDB)
- Publicada
- 2008-03-04
- Resolução
- 2.01 Å
- Artigo
- Crystallographic analysis of the intact metal centres [3Fe-4S](1+/0) and [4Fe-4S](2+/1+) in a Zn(2+) -containing ferredoxin. (FEBS Lett., 2008)
- Mais
- Detalhes técnicos, ligações e densidade electrónica
Imagens e vídeo feitos com o UCSF ChimeraX; a vista em 3D é do PDBe Mol*.